当监理工程师发出错误的停工指令时，施工单位可以采取以下步骤来应对：
沟通协商
首先，施工单位应与监理工程师进行沟通，明确停工的具体原因及双方的责任。这有助于理解监理工程师指令背后的考虑，以及是否存在误解或信息不对称的情况。
整理证据
施工单位应搜集与此次停工相关的所有证据，包括监理指令、施工日志、现场照片等。这些证据将在后续的协商或争议解决中提供重要依据。
参考行业惯例
如果合同中没有明确规定因监理工程师指令错误导致停工的处理方式，施工单位可以参考建筑行业的一般惯例和相关规定，了解类似情况下的处理方式。
补充协议
施工单位可以与监理工程师达成补充协议，明确责任和赔偿事宜。在补充协议中，可以规定监理工程师在类似情况下的责任和义务，以及施工单位应获得的赔偿。
法律途径
若协商无果，施工单位可以考虑采取法律途径解决争议。这可能包括向相关管理部门投诉或向法院提起诉讼。
此外，施工单位也可以立即与监理工程师联系，告知他们错误指令导致的停工情况，并要求监理工程师及时修改错误指令以及提出解决方案。同时，施工单位也应该及时通知相关管理部门和业主，保持透明和沟通，以便及时解决问题并恢复施工进度。如果监理工程师的错误指令给施工单位造成了损失，施工单位也可以保留追究责任的权利。
综上所述，施工单位在面对监理工程师错误的停工指令时，应通过沟通协商、整理证据、参考行业惯例、补充协议和法律途径等多种方式，积极维护自身权益，并确保项目能够尽快恢复施工。