擅自变更总监理工程师是 不被允许的，并且存在多种原因和后果：
违反监理规范：
监理规范中明确规定，监理公司更换总监理工程师要事先得到建设单位的同意，并报书面的更换资料，监理单位不能随意更换总监。
影响工程质量：
新上任的总监理工程师往往对工程前期的设计和施工情况一无所知，这可能导致各种问题，如质量问题和安全隐患，从而影响工程的整体质量和安全。
责任追究：
对于随意变更总监理工程师的行为，政府和相关部门应采取有力措施加以规范，包括建立健全工程监管体系，加强对工程监理、建设验收和安全评估等环节的监督力度，并对任何变更行为进行记录和追究责任。
资格要求：
变更后的总监理工程师资格不得低于原资格，并且需要经过建设单位的同意。同一项目变更两次（含两次）的，需报质量监督站备案。
备案和审查：
因特殊原因确需变更总监理工程师的，监理单位应提供书面报告、备案表和相关材料，并经市建设局质量安全处审查同意后，重新办理合同备案。
综上所述，擅自变更总监理工程师是不规范的行为，不仅会影响工程质量和安全，还会面临责任追究。因此，建议相关单位和个人严格遵守监理规范，确保工程管理的规范性和安全性。