监理工程师在签发指令时应遵循以下步骤和原则：
签发依据
监理工程师签发指令应严格依据工程合同和规范，明确指令内容，并经审核后正式发出。
指令种类
监理通知单：用于督促施工项目部按照法规、合同、规范、规定和设计图纸进行纠偏和整改，以保证项目安全、质量、技术、造价五大管理符合合同约定和规程规范要求。
工程暂停令：当发现可能造成质量事故的重大隐患或已发生质量事故时，总监理工程师应签发工程暂停令，并应及时报告建设单位。
工程复工令：当停工范围的内容完成整改或处置后，由施工单位提出复工申请，经监理项目部组织复查并符合相关要求后，由总监理工程师签字加盖监理项目部印章后，及时下达复工令。
监理工作联系单：用于项目监理部协调联系建设单位、施工单位、设计单位、厂家等参建相关方的工作，起到提示、告知、联系、协商作用。
指令内容
指令内容应说明指令发出的依据、施工单位不符合规定的事实及整改要求等。
指令单格式应符合监理规范的规定，包括“签发人”签字、“致”后填写项目经理姓名、“抄送”建设单位主管部门和分管领导等。
签收与记录
指令一般由项目经理签收，项目经理当时不能签收时可由项目经理指定的具有建造师资格的项目经理部其他负责人签收，随后项目经理补签确认。
签发和签收宜详细到分钟，并留存书面记录。
执行与复查
施工单位应按监理通知单的要求进行整改，并报送监理通知回复单。项目监理机构应根据施工单位报送的监理通知回复单对整改情况进行复查，并提出复查意见。
紧急情况处理
在紧急情况下，未能事先征得建设单位同意的，应在事后及时向建设单位书面报告。
通过以上步骤和原则，监理工程师可以有效地签发并督促承包人执行监理工作指令，确保工程的安全、质量和进度符合合同要求。