监理工程师违纪行为的处理方式主要依据相关法律法规和规章制度，具体处理方式如下：
警告处理：
对于轻微违纪行为，可以采取口头警告或书面警告的方式进行处理，提醒监理工程师遵守规章制度，规范自己的行为。
再培训和教育：
对于一些不太严重的违规行为，可以通过再培训和教育的方式进行处理，帮助监理工程师更好地理解和遵守相关规定。
暂停工作：
对于一些严重的违规行为，可以暂停监理工程师的工作，以确保工程的质量和安全。
解除合同：
对于一些严重违规行为，可以解除与监理工程师的合同，并追究其法律责任。
罚款：
根据违规行为的严重程度，可能会被处以罚款，罚款金额从1万元到3万元不等，具体金额依据相关法规和具体情况而定。
吊销资格证书：
对于情节严重的违规行为，可能会被吊销监理工程师的执业资格证书，并在一定期限内不予注册。
追究刑事责任：
如果监理工程师的违纪行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。
注销注册证书：
对于同时受聘于两个及以上单位执业的监理工程师，可能会被注销其监理工程师注册证书，收回执业印章，并受到罚款处理。
建议监理工程师严格遵守相关法律法规和规章制度，以规范自己的行为，避免因违纪行为而受到严重的处罚。