监理工程师存在的问题主要包括以下几个方面：
人员不足与工作量大
一些企业为了追求利润最大化，往往忽视了给工程安排足够的监理人员，导致一名监理工程师需要负责多个项目，工作量巨大，容易出现疏漏，从而带来安全隐患。
资质参差不齐
存在一些资质参差不齐的监理公司，这些公司通过欺骗手段获取业务，其监理工程师多无实际操作经验，缺乏监督与控制能力。
现场监理人员到位情况差
特别是总监理工程师不到岗现象严重，部分监理人员未能及时履行安全管理责任，对施工单位提交的专项施工方案审批不及时或审查不认真，先施工后签字的情况比较普遍。
监理人员素质不高
我国的监理人员普遍缺乏经济管理和法律知识，导致对工程的全方位控制能力欠缺。一些监理单位由于人才不配套，只能运用技术手段进行质量检查，而不能运用经济手段和合同手段进行全方位全过程控制。
监理市场不规范
监理业务的承揽方式不规范，存在转包监理业务、挂靠监理证照及业主私招乱雇等现象。监理市场的不规范导致建设监理的作用在许多项目上没有充分发挥出来。
监理工作不到位
存在监理工作不到位、监理责任不落实的问题。有的总监理工程师兼任很多项目的总监，有的工程项目空挂“监理”人员名字，只见其名，不见其人。有的监理单位没有确定一定的工程监理的内容和程序，也没有规定或落实各级监理人员责任。
监理权力不到位
监理工程师的工作内容包括“三控、两管、一协调”，但实际上赋予监理工程师的权利仅局限在质量控制上，没有其他的权利作保障（特别是计量支付权、设计变更审查权），导致承包人不会接受或不听监理工作指令，监理工程师对质量的控制也会大打折扣。
监理收费低
监理单位的收费低于国家规定的收费标准，由于行业竞争激烈，监理单位逐渐增多，收费不规范，导致监理单位在项目上的投入减少，影响监理工作的质量。
行业认识不清与定位不准
有些业主及施工单位对监理单位职责没有正确的认识，对监理作用认识模糊不清，使监理工作不能正常开展。有的施工单位把监理当成是自己的质监员，分部分项工程完成而未进行自检就直接向现场监理报验。有的业主把监理当自己的雇佣人员，监理工作全都要听从他的指挥和安排。
综上所述，监理工程师存在的问题涉及人员配备、资质管理、现场监理、人员素质、市场规范、工作到位、权力保障、收费问题以及行业认识等多个方面。要解决这些问题，需要从提高监理人员素质、规范市场行为、明确监理职责、加强监管力度等多方面入手，确保监理工作能够有效落实，保障工程质量和安全。