选择南京监理工程师专业时，可以考虑以下几个方面：
专业发展前景
土木建筑工程专业：由住房和城乡建设部负责，需求量较大，适合在建筑领域有深入研究和实践经验的考生。
交通运输工程专业：由交通运输部负责，适合在交通基础设施规划、设计、建设和维护方面有经验的考生。
水利工程专业：由水利部负责，需求量相对较小，适合对水利工程有浓厚兴趣和一定基础的考生。
自身工作需要
选择与当前工作领域相关的专业，有利于更快适应工作环境和提升专业技能。
如果未来有明确的职业规划，可以根据规划选择相关专业，以便更好地实现职业发展。
个人兴趣和爱好
选择自己感兴趣的专业，可以提高学习动力和效率，从而更好地完成学业和取得证书。
市场需求和经验
了解所在地区的监理市场需求，选择需求较大的专业，可以提高就业竞争力。
结合自身的工作经验和学习背景，选择更有把握通过考试的专业。
证书含金量
某些专业可能由于市场需求大，证书含金量较高，选择这些专业可能有助于拓宽就业范围和提升职业地位。
综合以上几点，建议考生根据自身实际情况，综合考虑专业发展前景、工作需求、个人兴趣和市场需求等因素，做出最合适的选择。如果仍存在疑问，可以咨询专业人士或参考行业内的建议。