二级建造师在处理工程索赔时，可以采用以下方法：
协商索赔
根据双方签订的建筑工程施工合同的约定，双方通过协商处理损失及赔偿问题。在协商过程中，应全面履行合同约定的义务，不按照合同约定履行义务的，依法承担违约责任。
起诉索赔
如果协商未果，可以向法院提起诉讼。在索赔费用的计算方法中，常用的是实际费用法，即以承包商为某项索赔工作所支付的实际开支为依据，向业主要求费用补偿。
提交索赔文件
索赔方应在合同约定的时间内，向对方提交索赔文件，包括索赔通知书、索赔报告和最终索赔报告。索赔文件中应详细列出索赔的依据、损失的计算方法和金额。
收集证据
在确定索赔事件后，应收集与索赔相关的所有证据，如施工日志、进度计划、会议记录、往来函件、气象资料等，以支持索赔请求。
计算损失
根据收集的证据，计算由于索赔事件导致的直接损失和间接损失。直接损失可能包括人工费、材料费、机械使用费等；间接损失可能包括管理费用的增加、利润的损失等。
协商与调解
在提交索赔文件后，双方应进行协商，以解决索赔问题。如果协商不成，可以通过调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。
索赔金额的支付
如果索赔得到认可，业主应按合同约定的时间和方式支付索赔金额。这通常是按照工程进度款的支付方式进行的。
索赔通知与报告
索赔事件发生后，应及时向监理工程师发出索赔意向通知，并在规定时间内提交详细的索赔报告和有关资料。如果监理工程师未在约定期限内答复或未提出进一步要求，视为索赔已被认可。
在进行工程索赔时，建议寻求专业律师或工程咨询公司的帮助，以确保索赔过程顺利进行并维护自身权益。