当二级建造师想要将证书从原单位转出时，如果单位不配合，可以采取以下步骤：
沟通协商
首先，与单位沟通，了解不转出的具体原因。可能的原因包括合同条款限制、单位内部政策或其他管理上的考量。
如果沟通无果，可以尝试与原单位的上级管理部门或人事部门进一步协商，寻求解决方案。
利用法律途径
如果协商仍然无法解决问题，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。可以向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，要求单位依法配合办理转出手续。在申请仲裁时，需要提供相关证据，如劳动合同、工作证明、沟通记录等，以证明自己的权益受到了侵害。
另外，根据《劳动合同法》第五十条和第八十九条的规定，用人单位应当在解除或终止劳动合同时出具相关证明，并在规定时间内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。如果单位未履行这一义务，劳动者有权要求单位赔偿因此造成的损失。
向建委或注册管理机构申请
可以直接去当地注册管理机构或建委出示合同解除协议和新单位的聘用协议，说明原单位解除合同后不配合转出的事宜。按照相关规定，原单位应当配合建造师办理转出手续。
提供证明材料
如果向建委或注册管理机构申请时遇到阻力，可以提供相关证明材料，如劳动合同、解除合同协议、新单位的聘用协议等，以证明自己的合法权益。
寻求专业帮助
在整个过程中，建议咨询专业律师或法律机构，获取更具体的法律建议和帮助，以确保自己的权益得到最大程度的保护。
通过以上步骤，可以有效地解决二级建造师证书单位不转出的问题。在处理此类问题时，务必保持冷静，按照法律程序一步步操作，以确保自己的合法权益不受损害。