二级建造师证书的申请流程主要包括以下几个步骤：
准备阶段
取得证书：首先，考生需要通过二级建造师考试并取得执业资格证书。
确定聘用单位：申请注册前，应当受聘于一个具有建设工程施工或勘察、设计、监理、招标代理、造价咨询资质的企业，并与聘用企业依法签订聘用劳动合同。
网上填报
登录系统：通过中国建造师网或本省建设网的“二级建造师注册管理系统”进行在线填报。
填写信息：申请人需要填写个人信息、聘用单位信息等，并上传相关证明文件的电子版。
打印申请表：网上申报成功后，自动生成并打印注册申请表。
提交书面材料
提交符合规定的真实、准确、完整的行政许可要件材料，包括但不限于：
注册建造师初始注册申请表、汇总表（含电子文档）。
申请人的资格证书、学历证书及身份证明复印件。
申请人与聘用单位签订的聘用劳动合同复印件。
聘用单位资质证书复印件。
如果申请多专业注册，还需提交注册建造师专业类别考试合格证明原件及复印件。
初审与复审
初审：提交材料后，等待市、州及扩权试点县（市）建设主管部门进行初审。初审主要是对申请材料的真实性和完整性进行审查，确认申请人是否符合注册条件。
复审：初审通过后，省建设岗注册中心会在一定时间内（通常为13个工作日）提出审查意见。复审环节更为严格，可能依据当地省份的《二级建造师注册实施办法》进行审查，必要时还会组织专家进行复审。
审批与公告
审批：省建设岗注册中心通过之后，省住房和城乡建设厅作出予以同意或不予以同意决定并公告。
领取证书：如果审核通过，则可以领取注册证书和执业印章。
整个注册流程可能需要几个月的时间，建议找到专业机构进行代评以确保流程顺利进行。