二级建造师考试设立水利专业主要是基于以下几个原因：
专业细分
随着我国城市化进程的加快和水利工程建设的推进，市政和水利两个领域的工程建设在技术和管理方面都呈现出各自的特点和需求。为了更好地适应市场发展和行业需求，二级建造师考试对专业进行了细分，以便培养出更加专业化的工程技术人才。
市场需求
市政公用工程和水利工程在我国基础设施建设中占有重要地位，对相关专业人才的需求较大。设置市政水利专业，有助于为市场输送具备专业素养的工程技术人才，提高工程建设水平。
人才培养
市政水利专业旨在培养掌握市政公用工程和水利工程基本理论、知识和技能，能在工程建设中从事项目规划、设计、施工、管理等方面工作的工程技术人才。这样的人才培养定位有助于提高行业整体素质。
考试公平性
二建考试设有多个专业，考生可以根据自己的专业背景、兴趣和市场需求选择报考。市政水利专业的设置，使得具有相关专业背景的考生能够有针对性地准备考试，提高考试公平性。
政策支持和市场需求
国家对水利水电工程的重视程度不断提升，出台了一系列政策支持水利水电工程建设和发展。同时，随着国家对环境保护和可持续发展的重视，水利水电工程在清洁能源和生态保护中的作用愈发凸显，进一步增加了对专业人才的需求。
资质要求
新资质标准规定，水利资质只能用水利的建造师，公路的资质只能用公路的建造师。这种需求量的增加使得水利专业建造师证书的需求量大增，从而提高了证书的含金量。
综上所述，二级建造师考试设立水利专业是为了适应市场需求、培养专业人才、提高工程建设水平，并保证考试的公平性。同时，随着国家政策的支持和市场需求的增加，水利专业二级建造师的证书价值也在不断提升。