注册安全工程师的颁发机关主要涉及两个部门：
国家安全生产监督管理部门：
根据《安全生产法》规定，该部门负责安全生产监督管理工作，包括安全工程师资格的认定和发证。
各省、自治区、直辖市人力资源社会保障部门：
这些部门负责具体颁发中级注册安全工程师职业资格证书，考试合格者由这些部门颁发证书，这也是证书本地化管理和服务的重要环节。
综合以上信息，可以得出结论：注册安全工程师的颁发机关是国家安全生产监督管理部门负责资格认定和发证，而各省、自治区、直辖市的人力资源和社会保障部门则负责具体颁发中级注册安全工程师职业资格证书。
因此，注册安全工程师的证书是由 国家安全生产监督管理部门和 各省、自治区、直辖市人力资源社会保障部门共同颁发的。