总监理工程师更换备案的流程如下：
提前通知
总监理工程师变更需提前14天书面通知发包人，并取得发包人的同意。
协商与同意
监理单位与建设单位进行协商，并取得建设单位的同意。
出具通知书
监理单位出具《总监理工程师任命（变更）通知书》，由监理单位总工签字并加盖公章。
备案材料
监理单位需要提供书面报告、备案表以及以下材料：
要求变更的原因及相关有效证明材料。
企业任命总监理工程师的任职文件。
建设单位与监理单位签订的变更补充合同。
新任命总监理工程师的注册岗位证书。
外地总监理工程师无在建工程的证明（如适用）。
审查与备案
材料经市建设局质量安全处审查同意后，重新办理合同备案，并凭合同备案表到质量安全处进行变更。
其他要求
总监理工程师在一年内变更不得超过两次，否则该总监理工程师从第三次变更之日起一年内不得参与投标。
同一工程项目关键岗位人员更换不得超过2人次。
建议：
监理单位在办理总监理工程师更换备案时，应确保所有材料的真实性和完整性，并按照规定的流程进行操作。
提前与发包人和建设单位进行充分沟通，确保变更过程顺利。