一级造价工程师缺考两门科目的处理方式如下：
缺考不影响下一年的报名：
一级造价工程师缺考不会影响考生报名参加下一年的考试。
需要在两年内通过这两个科目：
如果考生在第一年缺考了两门科目，他需要在第二年通过这两个科目才能取得一级造价师考试合格证书。
成绩滚动管理：
一级造价工程师考试成绩实行滚动管理。对于考全科者，应在连续4个考试年度内通过全部科目；对于免二科者，应在连续2个考试年度内通过全部科目。如果缺考，会占用成绩有效期。
建议：
建议考生报名后尽量按时参加考试，以免影响后续的考试计划和职业发展。
综上所述，一级造价工程师缺考两门科目需要在两年内通过这两个科目才能取得合格证书，且缺考不会影响下一年的报名，但会影响成绩滚动周期和职业发展。建议考生珍惜考试机会，积极备考。