监理工程师在处理设计变更时的程序如下：
审查设计变更申请
总监在收到施工单位的设计变更申请后，首先组织专业监理工程师对申请进行审查，并提出审查意见。
对于涉及工程设计文件变更的内容，应由建设单位转交原设计单位进行修改设计文件。
评估变更费用及工期
总监要组织专业监理工程师对变更费用及工期进行评估。
然后组织建设单位、施工单位共同协商确定费用及工期的变化，并会签工程变更单。
了解实际情况和收集资料
项目监理机构应了解实际情况并收集有关的资料，以便进行后续的变更处理。
评估工程变更的影响
总监工程师根据实际情况、设计变更文件和其他有关资料，按照施工合同的有关条款，在指定专业监理工程师完成下列工作后，对工程变更的费用和工期做出评估：
确定工程变更项目与原工程项目之间的类似程度和难易程度。
确定工程变更项目的工程量。
确定工程变更的单价或总价。
协调变更费用及工期
总监工程师就工程变更费用及工期的评估情况与承包人和发包人进行协调。
若双方未能就工程变更的费用等方面达成协议，可由监理方提出一个暂定的价格，作为临时支付工程进度款的依据，工程最终结算时应以承发包双方达成的协议为准。
签发工程变更单
在总监工程师签发工程变更单之前，承包人不得实施工程变更。
未经总监工程师授权，应协助发包人与承包人就工程变更的质量、费用和工期进行协商并取得一致。
总监工程师在工程变更的质量、费用和工期方面取得发包人的授权后，可按施工合同规定与承包人进行协商，协商一致后，总监工程师将协商结果向发包人通报，并由发包人在变更文件上签字认可。
监督实施变更
项目监理机构根据批准的工程变更文件监督施工单位实施工程变更。
通过以上步骤，监理工程师可以确保设计变更的合理性和有效性，同时保证工程质量和工期，控制工程投资，防止工程因设计变更而出现不必要的损失。