是的，存在水运监理工程师这个证书。
水运监理工程师资格证书是从事公路和水运工程监理工作的必备证书，是监理工程师职业发展的必备资质。该证书证明持证人具备从事公路和水运工程监理工作的专业能力和资质，能够对工程的施工质量、进度、安全、投资等方面进行有效的管理和监督。
此外，水运监理工程师已被纳入国家职业资格目录，并成为工程监理单位必须配备的专业人员之一。对于从事工程监理工作的专业技术人员来说，取得该职业资格不仅是对其专业能力的认可，还可视为工程师职称的有效证明，为后续申报更高级别的职称提供了有力支持。
因此，如果您希望从事水运工程监理工作，建议您考取水运监理工程师资格证书。