二级建造师证书的归档流程通常包括以下几个步骤：
准备归档材料
二级建造师资格证书原件
注册证书原件
继续教育证明（如有）
个人身份证明文件
填写相关表格
根据当地建设行政主管部门的要求，填写归档申请表或登记表，并确保信息准确无误。
提交归档申请
将准备好的材料和表格提交至当地建设行政主管部门或其指定的机构。
缴纳相关费用 （如有）：
根据当地规定，可能需要缴纳一定的归档费用。
等待审核
相关部门会对你的申请进行审核，审核时间依据当地规定和办事效率而定。
领取归档证明
审核通过后，你将收到归档证明，需携带个人身份证明文件领取。
妥善保管归档证明
归档证明是证明你已完成二级建造师证书归档的重要文件，请妥善保管以备后续使用。
此外，根据我国现行的人事档案管理政策，二级建造师证书一般是需要放入人事档案中的。确保证书的真实性、有效性，并按照档案管理的相关规定进行归档，以便于今后的工作调动、职称评定、资格审核等过程中使用。
请注意，具体的操作流程可能因单位而异，建议咨询所在单位的人力资源部门或档案管理部门了解具体的存放要求和流程。