在二级建造师转注单位时，如果遇到单位不配合的情况，可以采取以下措施：
与原单位沟通
首先尝试与原单位沟通，了解不配合的具体原因。可能是由于单位对转注流程不了解、存在误解或不愿意承担额外成本等原因。通过沟通可以尝试解决问题，避免不必要的纠纷。
向当地建设行政主管部门反映情况
如果与原单位沟通无果，可以向当地的建设行政主管部门反映情况，并按照相关规定办理转注手续。在反映情况时，应提供详细的资料和证据，以便主管部门了解情况并采取相应措施。
保持耐心，依法维权
在转注过程中，可能会遇到各种困难和阻力，但应保持耐心，依法维权。可以通过劳动仲裁、诉讼等法律途径解决纠纷，维护自己的合法权益。
寻求专业帮助
如果自己处理起来较为困难，可以咨询专业律师或相关机构，了解详细的法律权益及诉讼流程，以便更好地维护自己的权益。
提前规划
在二级建造师证书即将到期时，应提前了解转注流程和相关要求，确保在证书过期前完成转注手续，避免因证书过期而无法继续从事相关工作。
总之，二级建造师在转注单位时，应积极与原单位沟通，寻求建设行政主管部门的帮助，并在必要时通过法律途径维护自己的权益。同时，提前规划好转注流程，确保证书的有效性，以免影响职业发展。