环境保护监理工程师的职责主要包括以下几个方面：
熟悉合同条款及规范、设计图纸：
在施工过程中对承包人的环境保护及水土保持进行控制，对施工中出现的环保问题，按规范要求，提出处理意见。
参与编制相关文件：
参与编制环境保护制度、环境保护与水土保持方案、环保监理月报等。
审查施工人员的培训与交底情况：
审查施工人员的环境保护教育培训情况、环保交底情况，以及环保月报的编写情况等。
参加监理会议：
参加监理交底会、第一次工地会议、工地例会和现场协调会。
监督检查与整改：
检查承包人在施工中是否存在违反有关环保规定的情况，是否按合同要求落实环境保护措施，对检查存在的问题，书面指令承包人整改，情况严重的应及时报告总监理工程师并指令承包人暂停施工，并及时报告业主。
完成其他监理工作：
完成驻地监理工程师委派的其他监理工作。
沟通与协调：
与客户及环境保护主管部门进行沟通，确保项目符合环保法规要求。
建立监理台帐：
做好安全日记和编写安全监理月报，记录监理过程中的各项活动和发现的问题。
审核费用：
审核安全专项费用，确保费用合理使用。
负责竣工验收资料：
负责整理与环境有关的竣工验收资料，确保资料完整、准确、真实。
通过这些职责，环境保护监理工程师确保项目在施工过程中严格遵守环保法规和标准，从而保障环境和生态的安全。