总监理工程师辞职的麻烦程度主要取决于公司的规模、业务流程以及个人与公司的关系等因素。以下是一些可能遇到的问题和建议：
项目延误
总监理工程师负责监督和管理整个工程项目，如果他们离职，可能会导致项目延误或停滞。为了减少这种风险，建议在离职前与团队成员进行充分的沟通，并确保项目能够顺利交接给其他人员。
人员调整
总监理工程师离职后，公司可能需要重新调整人员来填补空缺，这可能需要一些时间和资源。为了确保公司能够迅速填补空缺，建议在离职前提前通知公司，并协助公司进行人员调整。
工作交接
根据公司的规定，总监理工程师在离职前需要办理工作交接，包括项目状态更新、资料整理等。为了确保交接过程顺畅，建议在离职前与上级和同事进行充分沟通，并确保所有工作都能够按时完成。
提前申请和审批
一些公司可能要求总监理工程师提前30天提交书面申请，说明离职原因，并得到领导的审批。为了确保辞职过程顺利进行，建议提前了解并遵守公司的相关规定。
社保和证书转移
在辞职后，总监理工程师需要将社保和证书等转到新单位。为了确保这个过程顺畅，建议在离职前与原单位联系，确保所有相关手续都能够顺利完成。
寻找替班人员
如果总监理工程师在项目关键时期离职，可能会给公司带来额外的工作负担。因此，建议在离职前寻找合适的替班人员，以确保项目能够继续进行。
总的来说，虽然总监理工程师辞职可能会带来一些麻烦，但通过提前规划、充分沟通并遵守公司规定，可以最大程度地减少这些麻烦。建议在整个辞职过程中保持积极主动的态度，并与公司保持良好的合作关系。