公司扣二级建造师证是 违法的行为。根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位无权扣押劳动者的证件，包括二级建造师证书。如果遇到这种情况，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：
沟通协商
首先，可以尝试与公司负责人进行沟通，了解公司扣留证书的具体原因。如果是因为工作需要，可以提出自己的想法和权益，尽量达成双方都能接受的解决方案。如果是因为误会或信息不对称，澄清事实后，公司通常会归还证书。
劳动监察部门投诉
如果沟通协商无果，可以向公司所在地的劳动监察大队投诉，请求其介入调查。劳动行政部门会依法调查处理，保护劳动者的合法权益不受侵犯。
法律援助或提起劳动仲裁
可以寻求法律援助或提起劳动仲裁。在维权过程中，收集相关证据非常重要，例如劳动合同、证书被扣留的相关证据（如邮件、短信、录音等），以及与公司负责人沟通协商的记录。
法律途径
如果公司扣留证书的行为侵犯了您的合法权益，可以向人民法院提起诉讼，要求公司归还证书并赔偿损失。
保存证据
在整个过程中，请确保保存好所有与该事件相关的证据，包括但不限于劳动合同、沟通记录、投诉记录等，以备不时之需。
总之，劳动者应该积极维护自身权益，及时采取行动，确保自己的证书能够顺利取回。