如果您的安全工程师证丢失了，可以按照以下步骤处理：
第一时间联系颁发证书的机构，向他们报告证书丢失的情况，并咨询具体的补办流程和所需材料。
向当地公安机关报案，说明证书丢失的情况，以防止他人利用您的证书进行不法活动。
准备相关材料，包括身份证原件及复印件、学历证明、丢失证明（如个人声明或报警回执等）、近期免冠彩色照片若干张，并填写《注册安全工程师执业证补办申请表》。
登报声明，在当地报纸上刊登遗失声明，声明内容包括证件名称、持证人姓名、遗失日期等信息，以进一步确认证件丢失并防止被他人恶意使用。
提交补办申请，携带上述材料前往原发证机关（一般为当地安全生产监督管理局或相关部门）提交补证申请，并等待审核。
等待审核通过后，您需要缴纳一定的工本费，并前往原发证机关领取新的安全工程师证件。
领取新证，审核通过后，请携带身份证前往指定地点领取新的注册安全工程师证件，并确保妥善保管，避免再次丢失。
建议您在补办过程中保持与原发证机关的沟通，确保补办流程顺利进行，并在领取新证后妥善保管。