安全工程师证书的颁发机构如下：
国家安全生产监督管理总局（应急管理部）
安全工程师资格证书由中华人民共和国应急管理部颁发。
中华人民共和国人力资源和社会保障部
安全工程师证书由中华人民共和国人力资源和社会保障部颁发。
各省、自治区、直辖市人事部门
注册安全工程师执业资格考试合格，由各省、自治区、直辖市人事部门颁发人事部统一印制，人事部和国家安全生产监督管理局用印的《中华人民共和国注册安全工程师执业资格证书》。
综上所述，安全工程师证书由国家安全生产监督管理总局（应急管理部）和中华人民共和国人力资源和社会保障部颁发，具体颁发机构为各省、自治区、直辖市人事部门。建议您在考取安全工程师证书时，确认好具体的颁发机构，以确保顺利获取证书。