安全工程师证书的颁发机构主要有以下几种：
国家安全生产监督管理总局：
该机构负责安全工程师证书的颁发，具有权威性和可信度。
应急管理部：
与人力资源和社会保障部联合颁发注册安全工程师证书，具有高度权威性和认可度。
人力资源和社会保障部：
联合应急管理部颁发注册安全工程师证书，确保证书的权威性和全国范围内的有效性。
综合以上信息，可以得出结论： 安全工程师证书最好由国家相关部门颁发，如国家安全生产监督管理总局、应急管理部或人力资源和社会保障部。这些机构颁发的证书具有高度的权威性和认可度，能够确保证书的标准化和统一性，同时严格审核申请者的资质，确保持证人具备足够的安全技能和知识。
因此，选择哪个机构颁发的安全工程师证书，主要取决于个人需求和职业规划。如果考虑证书在全国范围内的有效性和高度认可度，国家安全生产监督管理总局、应急管理部或人力资源和社会保障部颁发的证书都是不错的选择。