监理工程师预付款的计算主要涉及以下几个方面：
预付款比例
预付款的比例在合同工程的专用条款数据表中约定，一般为5%-30%，通常约定为有效合同价的10%。有效合同价不包括计日工、暂列金额、暂估价等费用。对于重大工程项目，可以按年度工程计划逐年预付。
预付款支付时间
承包人向监理机构提交开工预付款的支付申请，监理机构在召开第一次工地会议前编制完成支付证书报送发包人支付。
预付款扣回
预付款的扣回通常从工程款（含预付款）支付至合同价款的60%开始，分三个月扣回，具体扣回比例为：第一个月扣回30%，第二个月扣回40%，第三个月扣回30%。
预付款限额
预付备料款限额由主要材料（包括外购构件）占工程造价的比重、材料储备期、施工工期等因素决定。一般建筑工程不应超过当年建筑工作量的30%，安装工程按年安装工作量的10%拨付。对于重大工程项目，可以根据年度工程计划逐年预付。
竣工调值
在竣工时，可以根据调值公式法对预付款进行调值。调值公式为：P = P0（a0 + a1A/A0 + a2B/B0 + a3C/C0 + a4D/D0），其中P为工程实际结算价款，Po为调值前工程进度款，a0为不调值部分比重，a1、a2、a3、a4为调值因素比重，A0、B0、C0、D0为基期价格指数或价格。
建议
明确约定：在签订合同时，应明确预付款的比例、支付时间和扣回方式，以避免后期纠纷。
合理确定：预付款的比例应根据工程规模、材料占比、施工工期等因素综合考虑，既确保承包人有足够的资金进行前期准备，又防止发包人资金过多占用。
加强监管：监理工程师应严格按照合同约定的时间和比例支付和扣回预付款，确保工程进度和质量。
以上信息提供了监理工程师预付款计算的详细说明，希望对你有所帮助。