一级建造师资格证书在注册完成后，通常不会被没收。证书是由个人保管的，一级建造师考试通过之后，可以申报领取证书。然而，在一些情况下，建筑公司或建设单位可能会扣留员工的一级建造师证书，这可能是出于约束员工或利用员工证书和技术的考虑。
根据相关法规，资格证一般不会被收回，只有在特定情况下，如涉及违法行为被判刑，才可能面临吊销注册证书的风险。作为一级建造师证书的所有人，您有权处置该证件，并可以依法索回被扣留的证书。
如果您遇到证书被扣留的情况，可以向劳动部门或法院提起申诉。同时，请确保在从业过程中遵循相应级别的职业资格要求