如果您的监理工程师证被公司扣押，您可以采取以下措施：
与公司协商
首先，您可以尝试与公司进行协商，要求公司归还您的证件。如果公司同意归还证件，您可以考虑要求公司给予一定的补助作为交换。
向劳动监察部门投诉
如果协商无果，您可以向当地的劳动监察大队或劳动主管部门投诉。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，因此您有权要求公司归还您的证件。
申请劳动仲裁
您可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司归还您的证件。在申请劳动仲裁时，您需要提供相关证据，如劳动合同、证件扣押的证明等。
向媒体曝光
您还可以通过媒体曝光公司的不当行为，以引起社会关注，迫使公司归还您的证件。
向建设主管部门举报
监理企业的上级主管部门是质监站，您可以向质监站举报公司的违法行为。如果公司存在恶意扣证行为，将会受到相应的处罚。
寻求法律援助
如果以上方法均未能解决问题，您可以寻求律师的帮助，通过法律途径维护自己的权益。
建议您首先尝试与公司协商解决，如果协商无果，再考虑采取其他措施。在采取任何行动之前，请确保您已收集到足够的证据，以便在需要时能够提供有力的支持。