水利水电工程管理与实务在二级建造师的所有专业中含金量最高。不同省市地区不同科目含金量有所差别，但大部分地区的水利水电工程均价在1.5万元/年至2万元/年之间，上海、安徽、江西、海南等地区的最高均价达到3万元/年。因此，对于备考二级建造师的考生来说，水利水电工程无疑是回报最丰厚的选择。
此外， 机电工程管理与实务和 市政工程管理与实务也是热门专业，市场需求量和价格也较为可观。机电工程的市场价格大约为1.2万元/年至1.5万元/年，北京地区最高可达2.8万元/年。市政工程虽然考试难度较大，但同样代表着高回报，尤其是北京、上海、安徽、广东等地区的价格基本保持在2万元/年以上。
综上所述，从专业含金量的角度来看， 水利水电工程管理与实务是最值得选择的专业，其次是 机电工程管理与实务和 市政工程管理与实务。考生可以根据自己的兴趣和职业规划，选择最合适的专业进行报考。