一级建造师证书是由 合格考生持有的。具体颁发流程如下：
考试合格：
考生需通过一级建造师执业资格考试，考试合格后方可获得证书资格。
证书颁发：
一级建造师执业资格证书由国务院的住建部颁发，而注册证书和执业印章的申请和颁发则由省、自治区、直辖市的住房城乡主管部门受理，最终由国务院的住建部审批和颁发。
领取方式：
证书领取方式包括现场领取（本人领取、他人领取、单位统一领取）和邮寄领取两种。领取时通常需要携带本人有效身份证原件，部分地区也认可成绩单。
综上所述，一级建造师证书最终由合格考生持有，并由国家相关部门颁发和管理。