监理工程师的做法是否合理，需要根据具体的情境和合同条款来判断。以下是一些相关的信息和观点：
监理工程师的职责
监理工程师主要负责对承包单位报送的工程材料、构配件和设备进行审核，确保其质量符合合同要求。如果发现不合格的材料、构配件或设备，监理工程师有权拒绝签认，并签发监理工程师通知单，要求承包单位限期整改。
合理性的判断
从专业角度来看，监理工程师对材料、构配件和设备的审核是合理且必要的，这有助于确保工程质量和安全。这种做法有助于防止不合格材料进入施工现场，从而避免潜在的质量问题和安全隐患。
监理工程师在发现不合格材料时，应先通知建设单位，这是符合行业惯例和合同要求的做法。这样做可以确保建设单位及时了解工程进展情况，并采取相应的措施。
索赔问题
如果施工单位认为监理工程师的做法不合理，可以提出索赔。但是，索赔能否被批准，还需根据合同条款和相关证据来判断。如果监理工程师的做法确实存在不当之处，施工单位有权要求相应的赔偿。
综上所述，监理工程师的做法在专业上和法律上都是合理的，但具体是否合理还需结合具体情境和合同条款来判断。如果施工单位对监理工程师的做法有异议，建议先通过协商解决，如无法达成一致，可依据合同条款和相关法律法规寻求法律途径解决。