监理工程师在控制工程费用方面，可以采取以下措施：
设计阶段控制
采用设计招标形式，选择性价比最高的设计方案，促进设计单位运用先进技术，降低工程造价。
对扩初设计的总图方案及单项设计方案进行评价，通过技术经济指标的计算、比较与分析，选取最合理的方案。
推行限额设计，确保设计过程中技术经济统一，贯彻“先算后画”的原则，避免不必要的浪费。
施工阶段控制
审查施工单位编制的资金使用计划，动态预测施工过程中的用款需求，签发各类预付款项。
做好对工程量清单的管理，包括熟悉合同文件、掌握工程计量的原则、方法、方式和工作范围，确保计量准确，避免重计、漏计、错计。
严格控制可变项目，加强对计日工使用的管理，严格控制计日工的支付。
审查、签发中期支付证书或支付申请及合同中止后任何款项的支付证书，对不符合合同文件要求的工程项目有权暂拒支付。
公正处理工程变更所引起的造价管理及费用审批事宜，对合同执行期间因法律、法令、法规等变更致使工程费用发生的增减和人工、材料或其他影响工程费用的事项价格的涨落而引起的工程费用的变化，按合同规定审核或确定新的合同价格或调整幅度，并按程序上报，批准后执行。
竣工结算阶段控制
对施工阶段的费用控制进行总结和评估，确保工程投资控制在批准的投资估算范围内。
严格控制工程进度款的支付，确保支付与工程质量和进度紧密相关。
风险管理
进行工程风险分析，预测各种工程风险及可能发生索赔事件的诱因，提示相关单位采取相应的防范措施，减少工程索赔。
通过以上措施，监理工程师可以有效地控制工程费用，确保工程项目的投资效益最大化。