承包商按照监理工程师

根据相关文档内容，当承包商按照监理工程师的指示对已隐蔽的工程部位进行剥露后的重新检验，且该工程部位隐蔽前曾得到监理工程师的质量认可，但重新检验后发现质量未达到合同规定的要求时，处理方式如下：

全部剥露、修改、重新隐蔽的费用损失：

这部分费用由承包商承担。

工期处理：

工期损失也全部由承包商承担。

因此，正确答案是 B. 费用和工期损失全部由承包商承担。

建议承包商在施工过程中严格按照合同要求和监理工程师的指示进行施工，以确保工程质量，避免因质量问题导致不必要的费用和工期损失。