当总监理工程师未能到岗时，可以采取以下措施进行处理和惩罚：
警告或通报批评：
首先应对总监理工程师进行警告或通报批评，提醒其履行监理职责。
罚款：
可以处以一定数额的罚款，以警示其重视监理工作。
清退出场：
在情节严重的情况下，可以将部分监理人员清退出场，以确保项目监理工作的正常进行。
解除监理合同：
若因总监理工程师未在岗位上而导致了事故发生，则应立即暂停或吊销其与监理工作相关的所有资格证书，并依法进行罚款处罚。若情节特别严重，可能触犯刑法，需要追究其刑事责任。
追究民事责任：
根据《中华人民共和国建筑法》第三十五条，若监理单位不按照委托监理合同的约定履行监理义务，给建设单位造成损失的，应当承担相应的赔偿责任。
明确职责：
总监理工程师应严格按照“建设工程监理规范”履行职责，如未摆正自己的位置，把自己视为承包商的领导者，直接组织施工，或代替建设单位发布指示、指令和变更通知等，均属于“越位”行为，需承担相应责任。
加强监督管理：
建立健全的监督管理机制，确保总监理工程师负责制落实到位，解决监理工作不到位、监理责任不落实的问题。
建议：
监理单位应加强对总监理工程师的管理，确保其按时到岗并履行职责。
建设单位应定期对监理单位的工作进行检查，确保监理工作到位。
相关行业协会和监管部门应加强对监理行业的监督和管理，提高监理工作的整体水平。