监理工程师在处理合同争议时，可以采取以下措施：
充分了解合同条款
监理工程师应对施工合同的内容和条款非常熟悉，包括支付方式、工期、质量要求等细节。这有助于在纠纷发生时提供准确的解决方案。
进行现场检查和记录
监理工程师应频繁检查施工现场，并记录所有相关情况和问题。这些记录可以作为证据，帮助解决纠纷。
及时采取措施
一旦发现合同纠纷，监理工程师应立即采取行动，首先与施工方沟通，了解其意见和解释，然后与业主或其他相关方协商，寻找解决问题的方法。监理工程师应保持中立和公正，确保公平的解决方案被提出并执行。
遵守专业道德
在处理纠纷时，监理工程师应遵守职业道德准则，保持公正中立，不偏袒任何一方，而是根据合同约定和相关法律法规提供专业意见。
寻求法律支持
在处理严重的合同纠纷时，监理工程师可以寻求法律专家的意见或支持。法律专业人士可以对法律问题提供专业解答，并帮助制定合理的解决方案。
协调各方关系
监理工程师在处理纠纷时需要与多个利益相关方进行协调，包括与业主、施工方、设计师等有效沟通，努力达成共识。通过积极的沟通和协调，纠纷可能会得到及时解决。
调解与仲裁机构
如果双方无法就纠纷达成一致，监理工程师可以建议将纠纷提交给调解或仲裁机构进行处理。这可以是一个独立的第三方机构，也可以是根据合同约定由当事人选择的仲裁机构。
审查合同条款
双方应谨慎审查合同条款，确保合同的全面、准确、明确，以避免因合同条款模糊不清或理解歧义而产生的纠纷。在签订合同时，可以约定仲裁或诉讼的管辖法院，以方便争议的解决。
加强沟通协调
在履行合同过程中，双方应加强沟通和协调，及时发现并解决潜在问题。这有助于减少纠纷的发生，并在纠纷发生时更容易找到解决方案。
选择争议解决方式
双方在签订合同时，可以约定仲裁或诉讼的管辖法院，以方便争议的解决。一旦发生纠纷，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径来维护自身合法权益。
通过以上措施，监理工程师可以有效地处理施工合同纠纷，维护项目的顺利进行，并确保所有相关方的权益得到公平对待。