交通部监理工程师的扣分办法主要依据《监理工程师职业道德规范》以及具体的工程项目和监理合同。扣分标准通常包括以下几个方面：
安全管理
发现施工现场存在安全隐患，未采取有效措施进行防护，可扣除一定分数。
质量管理
施工方未按照规定进行材料选用、施工工艺、验收等，导致工程质量问题，可扣除一定分数。
进度管理
施工方未按照合同规定的工期进行施工，导致工程延误，可扣除一定分数。
环境保护
施工方未按照环境保护要求进行施工，导致环境污染等问题，可扣除一定分数。
合同管理
施工方未按照合同规定进行施工，或未按照合同要求进行资料报送等，可扣除一定分数。
此外，监理工程师的扣分周期通常为一年，一年内累计扣分达到一定分数将面临相应处罚。例如，违反职业道德的，一次扣6分；违反质量、安全规定的，一次扣12分；情节严重的，吊销资格证书。
建议监理工程师在扣分的同时，及时向施工方提出整改要求，并监督整改情况，确保工程质量和安全。如果施工方对扣分有异议，可以通过申诉等方式进行解决。