当施工单位拒绝签收监理工程师通知单时，可以采取以下措施：
记录拒收情况：
在监理通知单上明确标注“拒收”字样，并由施工单位签字确认。这样可以作为日后可能出现的争议的依据。
沟通与协调：
与施工单位进行沟通，了解其拒绝签收的原因，并尽量协商解决。如果施工单位有合理的理由，可以重新发送通知单或采取其他方式确保其知晓并执行监理要求。
上报领导：
如果施工单位无合理理由拒绝签收，应及时向监理单位或建设单位领导反映情况，寻求进一步的指导和处理。
采取进一步措施：
根据合同条款和实际情况，总监理工程师可以下发停工整改通知书，要求施工单位限期整改。在整改完成后，应要求施工单位提交整改回复单，并会同监理单位进行现场验收，验收合格后方可签发复工通知书。
保留证据：
在整个过程中，应妥善保管所有相关文件，包括拒收的监理通知单、沟通记录、停工整改通知书等，以备日后可能出现的法律或经济纠纷。
建议在实际工作中，监理工程师应严格按照合同条款和程序执行，确保施工单位履行其应尽的义务，以维护项目的顺利进行。