监理工程师下发的暂停令通常是在以下情况下发出的：
建设单位要求暂停施工且工程需要暂停施工的；
施工单位未经许可擅自施工，或拒绝项目监理机构管理的；
施工单位未按审查通过的工程设计文件施工的；
施工单位违反工程建设强制性标准的；
施工存在重大质量、安全事故隐患或发生质量、安全事故的；
发生必须暂停施工的紧急事件；
承包单位未经许可擅自施工，或拒绝项目监理机构管理。
在签发工程暂停令时，总监理工程师需要遵循《建设工程监理规范》的相关规定，明确停工范围，并确保通知到所有相关方。如果紧急情况未能事先征得建设单位同意，总监理工程师应在事后及时向建设单位作出书面报告。
此外，在签发工程暂停令前，监理工程师应确保已经充分评估了停工的影响范围和程度，并且已经与建设单位进行了充分沟通。如果工程已经部分停工，监理工程师还需确保所有已完成的工程部分符合相关规范和设计要求，并进行必要的整改和验收。
在停工期间，监理工程师需要持续监督施工现场，确保施工单位按照要求进行整改，并在整改完成后及时申请复工。如果施工单位拒绝执行监理指令，监理工程师有权采取进一步的措施，包括但不限于向建设单位报告或向主管部门报送监理报告。