监理工程师证书 通常由公司保管。这是因为监理工程师证书不仅是个人资质的象征，也是公司资质的一部分，有助于确保项目顺利进行。一般来说，持证人需要向公司申请使用其证书。此外，证书通常需要与公司的资质和执照相匹配，以便公司能够合法地从事工程监理业务。
尽管有些情况下个人可能会选择将证书放在自己手中以便检证，但这并不是行业内的通行做法。实际上，将证书放在公司中有助于确保其有效性和合法性，并便于公司在工程项目中合法地聘请您作为监理工程师。
因此，从合规性和行业惯例的角度来看，监理工程师证书放在公司是比较常见且合理的选择。