单位扣着二级建造师证书是 违法的行为。根据《劳动合同法》等相关法律规定，用人单位无权扣押劳动者的证件。如果遇到这种情况，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：
与用人单位协商解决：
首先应该尝试与用人单位进行沟通，明确提出要求退还二级建造师证书，并尽量通过协商解决问题。
向劳动监察部门投诉：
如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并责令用人单位退还证书。
寻求法律援助或提起劳动仲裁：
在劳动监察部门无法解决问题的情况下，可以寻求法律援助或向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求用人单位归还证书。
保存相关证据：
在整个维权过程中，应注意收集和保留相关证据，如劳动合同、沟通记录、投诉记录等，以便在维权过程中提供有力的证据支持。
咨询专业律师：
在采取法律行动前，建议咨询专业律师，了解自己的权益和应采取的最佳诉讼策略。
通过以上措施，劳动者可以积极维护自身权益，确保自己的二级建造师证书能够顺利取回。