二级建造师申请标注异常通常是由于以下原因：
未完成实名认证：
根据云南省住建厅的公示，证书异常的根源在于未完成实名认证。申请解除“异常”标记的企业或个人需要携带相关证明材料至云南省住房和城乡建设厅政务服务中心复核确认。
社保与证书注册单位不一致：
如果二级建造师的社保与其注册单位不一致，也会导致证书注册出现异常。在这种情况下，需要及时进行整改，整改完成后系统会自动取消标注。
注册单位与实际工作单位不一致：
若标注原因为注册单位与实际工作单位不一致，则需要提供注册单位的社保、劳动合同及任职证明等材料。
涉嫌受聘于两家以上单位：
对于涉嫌受聘于两家以上单位的个人，需要尽快注销注册证书，或提供另一家单位的停保证明。
解决建议
及时联系相关部门：
一旦发现二级建造师证书注册异常，应第一时间联系相关部门工作人员，按照相关要求和规范进行操作。
准备必要材料：
根据异常原因，准备相应的证明材料，如身份证原件、劳动合同、社保证明、企业承诺书、个人承诺书等，并按照要求提交至相关部门。
注销或整改：
若因社保或注册单位问题导致异常，应尽快完成注销或提供整改证明材料，确保所有材料的真实性和完整性。
关注官方公示：
留意云南省住建厅或其他相关部门的公示信息，及时了解最新政策和要求，确保按照正规渠道办理异常标注解除手续。
通过以上步骤，可以有效地解决二级建造师申请标注异常的问题，确保证书的正常使用。