一级建造师证书被原单位扣留的情况，可以参照以下建议进行处理：
确认扣留证件的合法性
首先确认公司扣留证件是否合法。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，企业不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，除非有特定协定。
协商解决
尝试与原单位进行协商，看是否能够通过友好方式解决问题。如果原单位同意归还证件，那么问题可以快速解决。
法律途径
如果协商无果，可以通过法律途径解决。可以向当地劳动部门或法律部门投诉，或者申请劳动仲裁。劳动仲裁时效为1年，自知道或应当知道侵权行为发生之日起计算。
申请补办证件
如果证件还未注册到原单位，可以向发证机构申请补办，并将原来的证件注销。这样处理后，原来的证件将作废。
变更或注销注册
根据《注册建造师管理办法》，注册建造师与聘用企业解除劳动关系后，企业应及时办理变更注册或注销注册。如果企业无故不予办理，可以通过法律渠道举报。
主动离职
如果原单位扣留证件是不合理行为，可以主动离职，提前30日通知单位，并要求单位办理离职手续，包括证件的签转。
建议
保留证据：在处理过程中，保留所有相关的证据，如培训协议、劳动合同、扣留证件的通知等，以便在需要时提供支持。
咨询专业律师：如果问题复杂，建议咨询专业律师，获取更具体的法律建议。
及时行动：尽早采取行动，避免因时间拖延而增加解决问题的难度。
通过以上步骤，可以有效地解决一级建造师证书被原单位扣留的问题。