总监理工程师辞职的原因主要有以下几点：
工资待遇未达预期：
总监理工程师在担任项目总监期间，其工资仅有7万元，远低于市场行情中总监的8到9万元水平，且其两次提出加薪要求均未获批准。这使得他的工资远未达到预期目标。
工作处理不当：
高健砸空调的事件中，公司处理不当，导致该工程师个人损失了3700元，这进一步加深了他对公司的不满。
其他方面事情处理不近人情：
该工程师还提到，在公司工作期间，其他方面的事情处理也让他感到不满，这些因素综合起来，使他最终决定辞职。
个人职业规划：
也有可能是该工程师希望自主创业，因此选择了辞职。
综上所述，总监理工程师的辞职原因主要是工资待遇未达预期、工作处理不当及其他方面事情处理不近人情，最终导致他选择离开公司。