监理工程师总监的工作流程可以总结如下：
前期准备阶段
确定项目监理机构人员及其岗位职责。
组织编制监理规划，审批监理实施细则。
根据工程进展情况安排监理人员进场，检查监理人员工作，调换不称职监理人员。
施工准备阶段
参加设计交底，审查施工组织设计（方案），审查承包单位现场管理体系，审查分包单位资格，测量放线控制成果。
审查开工准备情况，包括施工许可、征地拆迁、施工组织设计、承包单位人员、机具、主要建筑材料、进场道路及水、电、通讯等。
签发施工图纸。
主持第一次工地会议。
施工阶段
审批承包人提交的合同工程开工申请、施工组织设计、施工总进度计划、年施工进度计划、专项施工进度计划、资金流计划。
审批承包人按有关安全规定和合同要求提交的专项施工方案、度汛方案和灾害应急预案。
签发各类付款证书。
签发变更、索赔和违约有关文件。
签署工程项目施工质量等级评定意见。
要求承包人撤换不称职或不宜在本工程工作的现场施工人员或技术、管理人员。
签发监理月报、监理专题报告和监理工作报告。
参加合同工程完工验收、阶段验收和竣工验收。
组织审核分包单位资格。
组织审查施工组织设计、（专项）施工方案、应急救援预案。
审查开复工报审表，签发开工令、工程暂停令和复工令。
组织检查施工单位现场质量、安全生产管理体系的建立及运行情况。
组织审核施工单位的付款申请，签发工程款支付证书，组织审核竣工结算。
组织审查和处理工程变更。
调解建设单位与施工单位的合同争议，处理费用与工期索赔。
组织验收部分工程，组织审查单位工程质量检验资料。
审查施工单位的竣工申请，组织工程竣工预验收，组织编写工程质量评估报告，参与工程竣工验收。
参与或配合工程质量安全事故的调查和处理。
保修阶段
审核质量保证体系文件并监督其实施。
审批工程质量缺陷的处理方案。
参与或协助发包人组织处理工程质量及安全事故。
组织或协调发包人组织工程项目的分部工程验收、单位工程完工验收、合同项目完工验收，参加阶段验收、单位工程投入使用验收和工程竣工验收。
批准工程竣工资料，签发工程移交证书和保修责任终止证书。
总结与归档
检查监理日志。
组织编写监理总结，整理监理文件资料。
以上是监理工程师总监的主要工作流程，涵盖了从项目启动到竣工的各个阶段，确保工程按照合同要求、技术规范和安全规定顺利进行。