监理工程师三大专业的区别主要体现在以下几个方面：
考试科目
土木建筑工程：需要学习《建设工程合同管理》、《建设工程监理基本理论和相关法规》、《建设工程目标控制》（土木建筑）、《建设工程监理案例分析》（土木建筑）。
交通运输工程：需要学习《建设工程合同管理》、《建设工程监理基本理论和相关法规》、《建设工程目标控制》（交通工程）、《建设工程监理案例分析》（交通工程）。
水利工程：需要学习《建设工程合同管理》、《建设工程监理基本理论和相关法规》、《建设工程目标控制》（水利工程）、《建设工程监理案例分析》（水利工程）。
主管部门
土木建筑工程：由住房和城乡建设部负责。
交通运输工程：由交通运输部负责。
水利工程：由水利部负责。
岗位职责和技能要求
土木建筑工程监理：主要负责住宅、公共建筑、桥梁等领域的施工监督，需要掌握建筑材料、施工技术等方面的知识。
交通工程监理：要求掌握公路、铁路、机场等交通领域的专业知识，关注道路设计、交通规划等方面。
水利工程监理：需要了解水库、水闸、堤防等水利领域的技能，关注水利水电设施、治水防汛等方面。
总体来说，监理工程师三个专业的区别在于考试科目、负责部门和岗位职责等方面。考生在选择专业时，可以根据自己的兴趣和职业规划来决定，以确保在考试和实际工作中能够充分发挥自己的专业优势。