监理工程师在处理工程质量问题时的选项通常包括 修补处理、 返工处理和 不做处理。具体选择哪种处理方式取决于质量问题的严重程度及其对工程或结构使用和安全的影响。
修补处理：
当工程质量未达到规定的标准和要求，但通过修补或更换器具、设备后可以达到要求的标准，且不影响使用功能和外观要求时，可以进行修补处理。
返工处理：
当工程质量存在严重问题，对结构的使用和安全构成重大影响，且无法通过修补处理时，需要对检验批、分项或分部甚至整个工程返工处理。
不做处理：
某些工程质量问题虽然不符合规定的要求和标准构成质量事故，但经过分析、论证、法定检测单位鉴定和设计等有关单位认可，对工程或结构使用及安全影响不大，也可不做专门处理。通常不用专门处理的情况包括：
不影响结构安全和正常使用的问题，例如某些隐蔽部位结构混凝土出现干缩裂缝。
通过后续工序可以弥补的质量问题，例如混凝土墙表面轻微麻面，可通过后期的抹灰、喷涂或刷白等工序弥补。
经法定检测单位鉴定合格的问题。
因此，监理工程师在决定如何处理工程质量问题之前，应进行详细分析、论证，并可能需要法定检测单位和其他相关单位的鉴定和认可，以确保处理方案既符合规范要求，又能满足工程安全和功能需求。