二级建造师在注册有效期内变更注册单位的次数限制如下：
原则上不得超过两次：
在同一个注册有效期内，二级建造师变更注册单位的次数不得超过两次。
特殊情况下的申请：
若二级建造师在注册有效期内因特殊原因需要多次变更注册单位，应向当地建设行政主管部门提出申请，经批准后方可进行。
因此，二级建造师在正常情况下一年只能变更注册单位一次，但在特殊情况下可以申请多次变更，但需要经过当地建设行政主管部门的批准。
建议：在实际操作中，建议咨询当地的建设行政主管部门，了解具体的政策和流程，以确保符合当地的具体要求。