监理工程师预付款的计算主要涉及以下几个方面：
预付款额度
百分比法：预付款额度通常由合同双方在专用条款中约定，范围一般在5%至30%之间，常见比例为合同价的10%。
数学计算法：通过特定的数学公式来计算预付款额度，例如根据未完施工工程所需主要材料和构件的费用等于工程预付款的数额来计算起扣点。
协商议定：预付款的额度也可以由合同双方协商确定，并在合同中明确。
预付款的拨付
预付备料款的额度由合同双方商定，并在合同中明确预付备料款计算的理论公式，例如预付备料款=合同价款×预付备料款额度。
支付时间通常是在承包人提交开工预付款的支付申请后，监理机构在召开第一次工地会议前编制完成支付证书报送发包人支付。
预付款的回扣
确定工程预付款起扣点的依据是未完施工工程所需主要材料和构件的费用等于工程预付款的数额，起扣点T的计算公式为：T=P-M/N，其中P是承包工程价款总额，M是预付款数额，N是主要材料、构件所占比重。
扣款方法可以在承包方完成金额累计达到合同总价的一定比例后，由承包方开始向发包方还款，发包方从每次应付给承包方的金额中扣回预付款。
其他相关规定
根据《建设工程价款结算办法》，工程预付款结算应符合一定的规定，例如预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%。
工程量计算中，承包人需按照合同约定的方法和时间提交已完工程量的报告，发包人需在14天内核实工程量，并以核实的工程量作为工程价款支付的依据。
这些规定和计算方法有助于确保工程预付款的合理拨付和有效回扣，从而保障工程项目的顺利进行。建议在实际操作中，合同双方应明确约定预付款的额度、拨付方式和回扣方法，并在合同执行过程中严格按照这些约定进行操作。