总监理工程师负责制在实施过程中存在以下弊端：
分工不明确
存在积极干活的员工被不干活的员工指责的情况，导致工作分配不均，影响团队效率。
缺乏激励机制
总监、专监与监理员的薪水过低，且总监与专监的报考门槛与收入不成比例，导致一些有能力的人才不愿意从事监理工作。
总监负责制未落到实处
有些总监理工程师兼任多个项目的总监，导致总监到位率低，甚至不到位，影响监理工作的质量和效果。
存在空挂“监理”人员名字的情况，即只有名字没有实际工作，导致监理工作不到位，责任不落实。
监理人员素质参差不齐
监理人员年龄结构不合理，有些人员年龄太大，存在混混了事的现象；有些人员过于年轻，缺乏实际工程经验和协调能力。
总监理工程师个人能力不足
有些总监理工程师缺乏实际工程经验，难以应对复杂的工程问题。
有些总监理工程师缺乏独立思考和解决问题的能力，需要依赖其他人的帮助才能完成工作。
有些总监理工程师缺乏沟通能力，导致与业主、设计师、承包商等各方沟通协调困难。
有些总监理工程师缺乏管理能力，难以有效地组织和管理工作。
有些总监理工程师缺乏专业知识，难以对工程进行全面的监理。
业主委托监理的误解
业主委托监理不是让监理来管业主的，但现实中监理往往需要承担一些本应由业主承担的责任，导致监理工作难以开展。
综上所述，总监理工程师负责制在实施过程中存在分工不明确、激励机制不足、总监负责制未落到实处、监理人员素质参差不齐、总监理工程师个人能力不足以及业主委托监理的误解等问题。建议从完善制度、加强人员培训、明确责任分工、提高激励机制等方面进行改进，以确保监理工作的质量和效果。