关于上海二级建造师是否扣分的问题，可以从以下几个方面进行说明：
上海居住证积分政策
根据上海市人力资源和社会保障局发布的《上海市专业技术类职业资格目录》，二级建造师并不在积分项中，因此持有外省市的二建证书不能直接用来申请上海居住证的积分。
执业过程中的扣分规则
二建执业过程中若出现违规行为，如未按规定办理变更注册或超出执业范围工作，可能会受到扣分处罚。
考试合格标准
2023年上海二级建造师的合格标准是按照各科目满分的60%划定，具体为：管理72分、法规60分、专业实务中的建筑、市政、公路、机电、水利、矿业均为72分。
综上所述，二级建造师在上海不能用于居住证积分，但在执业过程中若违反相关规定，可能会被扣分。建议持证人遵守相关规定，以确保顺利执业。