如果您的二级建造师证被公司扣留且不退还，您可以采取以下措施：
沟通协商
首先，尝试与公司负责人进行沟通，了解公司扣留证书的具体原因。
如果是因为工作需要，您可以提出自己的想法和权益，尽量达成双方都能接受的解决方案。
如果是因为误会或信息不对称，澄清事实后，公司通常会归还证书。
法律途径
如果沟通协商无果，您可以向公司所在地的劳动监察大队投诉，请求其介入调查。
向当地的人力资源和社会保障部门反映情况，寻求帮助。
如果公司扣留证书的行为侵犯了您的合法权益，您可以向人民法院提起诉讼，要求公司归还证书并赔偿损失。
寻求专业帮助
咨询专业律师，了解相关法律法规，获取法律意见。
按照律师的建议，准备相应的法律文件，向法院提起诉讼。
保存相关证据
准备好相关证据，如报名缴费证明、考试合格证明等，证明证书属于您个人。
保存劳动合同、证书复印件等，以便在法律诉讼中使用。
其他途径
如果协商未能达成一致意见，您可以向建设行政主管部门申诉或向法院提起诉讼。
如果公司拒绝配合或无法取得联系，可以考虑采取其他途径来解决问题，例如通过劳动仲裁或法律诉讼。
建议您先尝试通过沟通协商解决问题，如果无果，再考虑采取法律途径。在整个过程中，保持冷静和理性，确保提供充分的证据以支持您的诉求。