如果监理工程师不配合注销，可以采取以下措施：
沟通协商
首先尝试与监理工程师或其单位进行沟通，了解不配合注销的具体原因。
如果沟通无效，可以向监理工程师的上级单位或相关管理部门反映情况，寻求帮助和解决方案。
法律途径
如果沟通协商仍无法解决问题，可以寻求法律途径，如申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，以取得必要的法律文书，如劳动仲裁决定书或司法判决书。
利用政务服务平台
可以通过“国家政务服务平台”进行强制注销。具体流程包括：登录平台，选择“个人办事”，在“国务院部门”中找到“住房和城乡建设部”，选择“监理工程师执业资格认定”事项，然后选择“注销注册业务”，并在线提交相关材料，包括劳动仲裁决定书或司法判决书。
投诉举报
可以向当地劳动执法大队或相关管理部门投诉，提供书面申诉材料，内容包括单位名称、离职时间、注册证件、不注销的原因等，并附上相关证明材料。
咨询专业律师
可以咨询专业律师，了解具体的法律途径和可能的解决方案，包括要求支付相关费用或申请撤下证件等。
注意社保和职业资格
如果监理工程师在原单位未正式注销工作关系，可能会影响其在其他单位的工作和社保缴纳。建议咨询所在单位的人力资源或社保专员，了解具体情况并进行相应处理。
保持冷静和依法维权
在整个过程中，保持冷静，依法维权，避免采取过激行为，以免影响自己的合法权益。
通过以上措施，监理工程师可以采取合适的方法来处理不配合注销的情况，维护自己的合法权益。